耳鼻咽喉科于1990年成立，是福建省中醫藥學會耳鼻咽喉分會掛靠單位，福建中醫藥大學中西醫結合耳鼻咽喉科碩士培養點。專科以耳鼻咽喉疾病的臨床與實驗研究為主要研究方向，堅持中西并重，突出中醫特色的科室發展理念，設門診、病區及鼻內鏡室、電子鼻咽喉鏡室、聽力室、眼震檢查眩暈治療室、中醫綜合治療室等，開展各類耳鼻咽喉專科手術，包括耳顯微鏡耳內鏡下鼓室成形術、聽力重建術，鼻內鏡鼻竇手術、低溫等離子扁桃體、腺樣體切除術、腭咽成形術、喉顯微手術等。同時積極開展中醫非藥物特色治療，包括慢性扁桃體炎中醫烙治，過敏性鼻炎貼敷治療、割治療法，耳鳴中醫五音治療等。在耳源性眩暈診斷及治療方面居省內先進水平。