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福建中醫藥大學附屬第二人民醫院肛腸科為國家中醫藥管理局“十二五”重點專科，福建省中醫重點專科，是一個硬件設施完善，技術力量雄厚，中醫特色鮮明，具有獨特專科療法，集臨床、科研、教學為一體的肛腸專科。

目前專科擁有醫師9名，其中主任醫師1人，副主任醫師3人，主治醫師3人，住院醫師2人，其中碩士生導師2人，具有碩士研究生學歷5人。護理人員13人，逐漸形成一支經驗豐富、人員梯隊結構合理的臨床隊伍。目前是中國女醫師協會肛腸專業委員會副主任委員單位與中國民間中醫醫藥研究開發協會肛腸分會福建工作部副主任委員單位。學術帶頭人葉玲主任醫師系國家級老中醫藥專家，福建省名中醫，全國中醫肛腸學科名專家，中國女醫師協會肛腸專業委員會副主任委員，美國中醫藥學會高級顧問，中華中醫藥學會肛腸分會常委，福建省中醫藥學會肛腸分會副主任委員。

專科開放床位44張，為獨立的病區，配備中醫特色綜合治療室、中藥治療熏洗室等，環境優美、整潔、安靜、寬敞、舒適，堪稱省內一流，同時配備有各種先進醫療設備，包括電腦肛腸檢查治療系統、生物反饋治療儀、肛腸腔內治療儀、微波治療儀、激光坐浴機、紅光治療機、電腦肛腸藥物熏洗椅等。擁有苦參清熱洗劑、紫芨油等多種院內制劑。

治療上以中西醫結合協同手術治療為主，在術式設計與治療方案上均獨具特色。目前開展的特色手術治療有開環式微創痔吻合術（TST 術）、吻合器痔上粘膜環切術(PPH術) 、超聲多普勒引導下痔動脈結扎術、環狀混合痔分段齒形結扎術、視頻肛瘺鏡輔助下治療肛瘺、高位復雜性肛瘺低切高掛曠置引流術、消痔靈注射治療直腸脫垂及直腸內套疊、中藥保留灌腸治療結腸炎、中藥直腸滴入治療便秘等。在肛腸復雜疑難病的治療上，如環狀混合痔、高位復雜性肛瘺、出口梗阻性便秘等，手術水準達到省內領先、國內先進水平。在治療肛腸常見外科病的同時，注重對腸道的中醫調理，在各類型便秘尤其是出口梗阻性便秘的中西醫結合綜合治療上有獨特之處，堅持辨證施治、施護，既強調整體觀念，又強調微觀識病。