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福建省第二人民醫院兒科是福建中醫藥大學本科、碩士、博士的教學單位，擁有國務院特殊津貼專家、國家級和省級老中醫藥專家學術繼承人指導老師、博士和碩士研究生導師、福建省百千萬人才等中西醫專家多人。形成以小兒腎臟病、生長發育專科（小兒內分泌）、過敏性疾病、兒童保健和新生兒專科為特色的臨床專科專病，采用中西醫結合、內服外治結合的診療方法，臨床療效顯著，榮獲多項省部級科技成果獎。

小兒腎臟病專科：鄭健主任醫師牽頭的研究團隊，應用中西醫結合的方法治療小兒腎臟疾病，臨床療效顯著，科研碩果累累，其成果位居全國領先水平。

小兒生長發育專科：為醫院特色專科，是省內最早開設的兒童生長發育專科門診之一，應用中西醫結合方法診治小兒生長發育異常（生長發育落后、身材矮小、性早熟、青春期延遲等）、肥胖癥伴代謝綜合征和甲狀腺疾病等內分泌疾病，臨床療效確切，在省內外具有較高的聲譽和影響力。最早在我省開展由專科醫生結合病史精確評估骨齡，至今為止，已精準評估骨齡2萬余例，位居同行前列。專科主持了2016年中華中醫藥學會發布的《中醫兒科性早熟診療指南》修訂工作。長期以來，專科每年定期舉辦生長發育相關科普公益講座，為中國兒童生長發育健康科普示范基地。作為中國紅十字基金會成長天使基金合作醫院，專科將持續為符合條件的孩子申請免費救助。專科團體成員：李淑閩主任醫師、楊文慶主任醫師、宋郁河副主任醫師、鄭憐玉主治醫師、陳冬梅主治醫師。周一到周日每天上午均安排有專科門診。

小兒過敏性疾病專科：應用中西醫結合、內服外治的診療方法治療小兒哮喘、鼻炎、慢性咳嗽等過敏性疾病，臨床療效顯著，深受患兒好評。

兒童保健專科：為兒童提供系統保健，如體格生長發育監測、智力及心理測評、骨齡評測及成年身高預測、身高促進、營養評價、喂養指導、常見兒童疾病的防治、小兒中醫體質調節，小兒發育行為問題的咨詢與矯治等。

新生兒專科：按《中國新生兒病房分級建設與管理指南》的II級新生兒病房的要求進行建設與管理，可收治新生兒常見病、多發病：新生兒高膽紅素血癥、新生兒溶血病、新生兒肺炎、新生兒敗血癥、新生兒窒息、早產兒、小于胎齡兒、糖尿病母親嬰兒、顱內出血、新生兒出血癥等。采用中西醫結合的方法診治新生兒疾病，臨床療效顯著。